本文简单总结一下为Zotero配置坚果云，在线同步文献库的方法。坚果云可能是国内唯一支持WebDAV的同步盘，而国外可选择的软件则有Onedrive, Google Drive等，但是因为不幸被墙而无法使用。设置日期2022年1月9日，系统Windows 10 21H2。
Zotero简介
Zotero是一个开源免费的文献管理和引文创建软件。通行的类似软件还有Endnote和Mendeley。前者的历史最悠久，使用人数也最广，基本上所有学术论文库都支持导出Endnote格式的引文。但缺点一是收费，二是闭源，导致它的跨操作系统的支持度差、功能没有后两个多。Mendeley则是免费软件，其格式也是常用的引文格式之一，并且比Endnote更灵活，支持安卓、苹果（手机及电脑）、Windows，Linux，同时也具备了Microsoft Word和Chrome插件。Zotero的支持度不亚于Mendeley，并且得益于开源社区的支持，能够读写几乎所有常见格式的引文数据，并且有丰富的引文格式库。美中不足之处在于它不能可视化地设计引文模板。用户若要设计自己的引文格式必须使用xml语言。
关于Zotero文献库格式的理解
当把一篇PDF格式的论文拖动到Zotero中时，软件便会自动抓取PDF的元数据并创建一个文献条目，而原本的文件便会以附件的形式放在条目下。若需要存档其它相关文件，譬如论文补充材料、笔记等时，只要在同一条目下再加附件即可。同时，软件会把所有的文件以它自己能读懂的格式放到本地的Zotero/storage/下名称意义不详的子文件夹里，而这个文件夹使用者很难找到，也没有必要打开。因此使用者阅读存档文件的唯一办法就是从Zotero中访问文件。整个文件夹的结构一般是这样：
flowchart TD
subgraph Zotero/storage/
subgraph literature1/
a1(.ztoero-ft-info)
a2(.ztoero-ft-cahe)
a3(paper.pdf)
a4(note.md)
end
B(literature2/)
C(literature3/)
D(...)
end
main(Zotero/) -- contains --> Zotero/storage/
main(Zotero/) -- contains --> data(zotero.sqlite)
data(zotero.sqlite) -.organizes.-> Zotero/storage/
同时，在上一级的Zotero/文件夹下，还有几个记录整个文献库信息的十六进制文件zotero.sqlite*。按照我的理解，这个文件相当于一个目录，记录了文献库的结构，如文献库里的文件夹名称，内容，关系。软件根据这个目录在storage/文件夹中寻找对应的文献信息和附件，并在GUI中显示整个文献库的结构和内容。
Zotero的同步规则
下载安装Zotero后，若要实现不同设备间文献的同步，必须用邮箱注册Zotero账号。由上一节的分析可以看出，要实现跨设备的同步，必须同时同步目录文件Zotero/zotero.sqlite*和文献数据文件夹Zotero/storage/。在完成注册后，Zotero会免费为用户提供不限量的目录同步空间以及300MB的文献数据同步空间。因此，在配置时考虑如何用第三方软件同步文献数据文件夹即可。
设置坚果云
方法辨异
目前使用云盘进行文献库的方式有两种，一种是配置WebDAV同步文件夹Zotero/storage/，一种是设置软链接。前者只能通过坚果云实现，而后者可以通过任意同步盘实现。虽然后者乍看十分美丽，实际上十分愚蠢（更荒唐的是居然是坚果云官方发的，简直误人子弟），在这里批判一下。
软连接方式的思路是，在名称为乱码的Zotero/storage/子文件夹下只保存文献信息而不保存文献实体，在条目下附加一个链接指向附件的实际存放位置。这样一来，结合ZotFile插件的批量重命名（同时也能重命名文件的上一级路径）功能，就可以批量地把文献转移到一个专门的，名称可读的文件夹里，从而方便查看。这种方式看似完善，却忽略了一个事实 - 并不是所有文件都有完整的元数据。若把Zotero作为一个知识分类整理的软件，那文献库里常会有ppt、网页快照、课堂讲义等非正式的出版物。而对于经常接触中文期刊的人来说，中文论文的元数据也常常无法获取。这样一来所谓“可读”文件夹中的文件是缺失的，因为ZotFile并不会按照规则重命名一个检索不到数据的文件，那些文件将残留在原来的文件夹里。而至于“将文献按照期刊/年份/作者归类到对应文件夹中方便查找”这种做法也完全没有意义，因为使用者可以在Zotero软件中方便地按照这些条件筛选文献，再导出为带或不带附件的多种文献格式。只要知道对方使用的文献管理方法（对于一个合格的研究者，这是基本技能）即可。如果只是复制少数几篇的话，完全可以用鼠标拖动进行复制。而如果是分享无法抓取元数据的文件的话，在Zotero中进行操作更是唯一的方法。总而言之，这种方法从根本上失去了自动进行文献管理的意义。
而使用WebDAV同步更加简明，并且能收获更好的效果。因此这里只介绍WebDAV的配置方法。
坚果云同步的相关问题
目前坚果云免费版的规则是限制每月上传下载流量（1G/3G每月），不限制总空间和速度，因此适用于初步接触科研，文献积累还不十分多的用户。而收费版则是限制了云盘空间，适合已经有一定积累的用户。需要说明的是，不能指望“购买一个月会员把所有储备上传好，后面再降级成免费版”这种操作，因为付费版到期后会跳出更小的空间限制，在付费期间上传的文件，超出空间限制的部分会被强制要求删除（当然，可以选择删除哪些部分）。这也是坚果云受到诟病的一个问题。
坚果云配置WebDAV需要设置针对特定软件的密码。在网页端的右上角账户名处选择“账户信息”，页面跳转后选择“安全选项”，找到“第三方应用管理”并点击“添加应用”，系统将自动生成密码。
配置Zotero
打开Zotero, 选择’Edit/Preferences/Sync/settings’, 如图配置WebDAV。同时也可以看到，对于Zotero，文献库结构和附件确实是分开同步的。但是需要注意，用坚果云同步Zotero/zotero.sqlite*并不明智，因为软件一打开该文件就在占用状态。坚果云解除文件的占用并不及时，若一台设备在退出软件后就断网或关闭，文件将一直处在占用状态，导致其他设备上的Zotero无法正常使用。
Zotero 默认把文件存在C盘，但可以改。打开’Edit/Preferences/Advanced/Files and Folders’，更改’Data Directiory Location’。注意目录文件和文献信息的存放位置将同时更改。上一个“Linked Attachment Base Directory”就是软链接指向文件的存放位置，可以不管。
一些插件推荐
外挂插件为.xpi格式，需要自己下载并搭载。下载好后选择’Tools/Add ons/Install Add on From File’（弹窗右上角的齿轮）。安装好后重启Zotero即可。
- 可以利用元数据和正则表达式对PDF文件进行重命名。选择’Tools/ZotFile Preferences/Renaming Rules’。下图所示的命名规则即“作者_年份_标题”。
- 可以指定一个路径，默认将路径中的文件添加到Zotero中。选择’Tools/ZotFile Preferences/General Settings’。
- 可以实现与平板的文件往来。对于Android设备，安装Zoo for Zotero并设置WebDAV即可，不需配置ZotFile。对于苹果设备则需要通过该选项实现附件的同步。未测试苹果设备。
- 方便地实现Markdown语法编写笔记。笔记作为文献的附件存放在相应的文献条目下。
- 下载Thunderbird版本